尽管武昌城中的火势息灭，但这时整个城市以经被烧毁了大半，只有在城市的边缘，靠近城墙附近的一些建筑房屋才得以保全下来。而越是靠近城市的中心，就烧毁得越是惨重，由其是中心的两条主街，和楚王府的所在地域，是西军点火的地方，几乎彻底烧光，只剩下一堆还散发的腾腾热气的废墟瓦砾。
而武昌城中，本来有二十余万居民，然而到了现在却不足五万，其余全都葬身于火海之中。整个空气中也充满了呛人的焦糊、腐臭味道。既使是闻惯了战场上的硝烟硫磺味道，商家军的士兵们也觉得受不了，不少人都呕吐了起来。
在未来几个月以內，武昌城里是不能居住了，好在城外还有不少村庄城镇，西军在撤退的时候，只是抢掠一番，还来不及放火，因此也空出了不少房屋，商家军又搭建了一些帐蓬和简易窝棚，免强能让幸存的百姓都住下了。好在现在才是八月上中旬，天气还不算冷，百姓们还能免强支撑。
虽然士兵和百姓都安置下来，但在火灾中受伤的百姓多达数千人，绝大部份都是烧伤烫伤，有许多人的伤势都非常严重。而这个时代对烧伤烫伤的治疗手段不多，同时商家军也缺少医生和药材，尽管现有的医生都竭尽了全力，但在毎天都有人不治而亡。再加上几乎所有幸存的百姓都有家人葬身在火海中，因此毎天都能听到百姓的啼哭声音，整个营地，都十分凄惨。
看着这一番地狱般的情像，商毅也不禁苦笑不止，武昌城可以说是彻底破毁灭了，想要重建的话，至少也需要三五年的时间，同时还需要花费大量的人力、物力、财力才行，至于说完全恢复元气，那还不知道要等多久，十年，二十年都有可能。而自己原来想以武昌为核心，建立根据地的想法，恐怕也难以实现了，而没有了武昌府，汉阳府也失去了依仗，难以大用。
那么自己下一步怎么办呢？是取襄阳府还是取长沙府。不过商毅清楚，无论是襄阳府还是长沙府，都无法取代武昌府的优越条件。这才真是叫人算不如天算，想到这里，商毅心里也不禁对张献忠充满了愤怒。这时他穿越到这个时代之后，除了对清军那次入关奔袭之外，第一次如此的愤怒。因此才对周少桓下达了追击张献忠，死缠不放的命令。
但现在也没有别得办法，商毅又下令，将商家军的所有人马和物资都转移到长江以东来，一方面是便于集中管理，另一方面也是救济幸存的百姓。同时又写信给庐州的吴甡，催促他快把答应自己的物资送来，另外还要他再准备一批救济百姓的粮食、物资和药材。
而百姓们虽然都十分伤心，但对商家军却都十分感激，可以说如果没有商家军，就算自己能够逃出火海，也只有冻死、饿死一条路，那些像现在，好歹还有个安身之地，能够吃到裹腹的食物，伤员也有人在救治，在大明朝几曾见过这样的军队，因此百姓们对商家军的态度非常亲切。而商家军仁义之师的大名，也进一步在江南地区流传开广出来。
就在这时，周少桓派人回报商毅，二团在樊口附近追上了西军的断后部队，双方又激战一场，结果二团又一次把西军打得大败，不仅趁势夺取了樊口县，而且周少桓带兵追击，一路上连续追杀西军，一直到了铁山附近，直到遇上西军的接应人马，才算是收住了脚步。不过周少桓也怕自己弧军深入，不敢停留，只好又撤回到樊口县，同时也打探清楚了，张献忠的大军这时退到了大冶县暂时驻扎。因此又派人向商毅报告。
这时吴甡拔调给商毅的二万石粮草和其他物资也送到了武昌府来，而且商家军的物资、铺兵，后勤、俘虏也都相继到达了武昌，粮食和基本的生活物资，暂时都得到了保障。差不多同时到达的，还有从穆陵关运来的第二批物资，这次没有粮食，几乎全是弹药火器，仅手榴弹就达到五千颗，而各种霹雳火箭也达到两百个。商家军也重新装备齐全了。
不过加上汉阳府一战抓住的俘虏,现在商家军的俘虏以经达到了八千多人，又加上现在的四五万百姓，而打下武昌府之后，连一点物资都没有劳着，虽然现在有了二万石粮食，但连两个月都支持不到，虽然商毅也十分头庝，但也不能放任这些老百姓不管，因此也这能这么先对付着。
好在西军的俘虏明显比闯军的俘虏老实得多，因为西军中有大半都是刚入伙才几个月的士兵，先前都是农民，胆子还没有练出来，而且在战场上见识了商家军的火铳，也是打心眼里害怕，因此从一开始起就绵软得多，不过商毅依然按照对待闯军俘虏的方式那样，先互相揭发，找出头目，一率处死，给俘虏们一个下马威，然后将剩下的俘虏进行分配编组，开始强制改造，现在俘虏们的任务就里清理武昌城中的残骸。
当然让俘虏清理武昌城，到不是说商毅就打算重建武昌，而且给俘虏们找点事做，别老是闲着浪费粮食，吃饱饭动别的心思。另外尸体残藉留长了，也容易滋生病菌，造成传杂性疾病。其实商毅现在也有些茫然，不知道下一步该怎样走才好，是留在湖广，重建武昌，还是另找其他地方安身，一时之间，商毅心里也沒有一个好主意。只能走一步看一步了，好在收拾残局也费不了什么功夫，顶多就是让俘虏们出一点力。
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